Vorgeschichte:
In ferner Zukunft. Die Menschheit hat einen Weg gefunden ferne Galaxien zu bereisen und beginnt mit der Besiedlung neuer Planeten, da die Erde überfüllt ist. Doch ziehen sich die Menschen durch die aggressive Besiedlung neuer Welten den Zorn außerirdischer Lebewesen auf sich. Es beginnt ein Krieg. Ein großer Angriff auf die Erde wird gestartet. Es gibt Roboter, deren Aufgabe es ist die Erde zu evakuieren und Raumschiffe mit Allem nötigen für eine Neubesiedlung eines Planeten auszustatten. Nur ein Bruchteil der Raumschiffe konnte die Erde verlassen. Die Menschheit wird besiegt und ihre Reste verstreuten sich überall im Universum.
Gegenwart (einige Jahre später):
Die Erde ist ein toter, leerer Planet. Fast jedenfalls. Einer der Roboter N.O.A.H. - 10390, blieb auf der Erde zurück und da er seine Mission nicht mehr erfüllen kann, sammelt er alles, was von der vergangenen Zivilisation und dem Leben auf dem Planeten übrig geblieben ist, wie Pflanzen und Genproben ausgestorbener Spezies.
Der Spieler schlüpft in die Rolle von NOAH. Dieser erforscht die Ruinen zerstörter Großstädte auf der Suche nach seinen Schätzen und auch Ersatzteilen für sich. In einem unterirdischen Laborkomplex stößt er auf eine intakte Cryo-Kammer, in der sich Laborratte Spunky befindet.
Diese taut er auf und hat somit einen neuen Begleiter. Als NOAH herausfindet, dass die Erde kurz davor ist, zu kollabieren, hat er wieder eine Aufgabe. Er muss sich und seinen neuen Freund retten und von der Erde schaffen.